Krajowy System e-Faktur (KSeF) to jedna z największych rewolucji w polskich rozliczeniach podatkowych ostatnich lat. Wprowadzenie obowiązku wystawiania faktur ustrukturyzowanych budzi wiele pytań w każdej branży, jednak sektor medyczny ma swoją specyfikę, która dodatkowo komplikuje sprawę.
Wielu lekarzy, dentystów i innych specjalistów medycznych zastanawia się: „Czy KSeF mnie dotyczy?”. Odpowiedź nie jest jednoznaczna i brzmi: „To zależy”. Zależy przede wszystkim od tego, komu wystawiasz faktury.
Poniżej wyjaśniamy, jak zasady KSeF odnoszą się do praktyk lekarskich, uwzględniając stan prawny na 2026 rok.
Czym jest KSeF i kogo dotyczy?
W dużym skrócie, KSeF to centralny system teleinformatyczny Ministerstwa Finansów, służący do wystawiania, otrzymywania i przechowywania faktur ustrukturyzowanych (w formacie XML). W momencie wejścia w życie obowiązkowego KSeF, tradycyjne faktury papierowe czy pliki PDF przesyłane mailem w obrocie między firmami przestają być uznawane za prawidłowe dokumenty księgowe.
Generalna zasada mówi, że KSeF jest obowiązkowy dla czynnych podatników VAT, a w kolejnym etapie także dla podatników zwolnionych z VAT, którzy dokonują transakcji z innymi przedsiębiorcami.
Kluczowe rozróżnienie dla lekarza: Transakcje B2B a B2C
Dla lekarzy prowadzących własną praktykę najważniejszym aspektem KSeF jest rozróżnienie odbiorcy usługi. System ten został zaprojektowany głównie do uszczelnienia obrotu między firmami (B2B).
Usługi na rzecz pacjentów (B2C) – KSeF nie obowiązuje
Dobra wiadomość jest taka, że KSeF nie dotyczy faktur wystawianych na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej, czyli w tym przypadku – pacjentów.
Jeśli prowadzisz prywatny gabinet i przyjmujesz pacjentów „z ulicy”, wystawiając im paragony fiskalne lub faktury imienne na żądanie, te dokumenty nie trafiają do Krajowego Systemu e-Faktur. W tym obszarze Twojej działalności zasady pozostają zbliżone do dotychczasowych. Faktury konsumenckie (B2C) są wprost wyłączone z obowiązku KSeF.
Praca na kontrakcie i współpraca z podmiotami (B2B) – obowiązek KSeF
Sytuacja zmienia się diametralnie, jeśli świadczysz usługi na rzecz innych podmiotów gospodarczych. Dotyczy to bardzo dużej grupy lekarzy pracujących na tzw. kontraktach.
Jeśli wystawiasz fakturę za swoje usługi dla:
-
szpitala,
-
przychodni,
-
kliniki,
-
innej firmy (np. za szkolenia medyczne czy konsultacje dla biznesu),
to jest to transakcja B2B (Business-to-Business). Takie faktury muszą być wystawiane za pośrednictwem KSeF, zgodnie z harmonogramem wdrożenia obowiązkowego systemu dla przedsiębiorców. Nie ma tu znaczenia, że Twoje usługi medyczne są przedmiotowo zwolnione z VAT – kluczowy jest fakt, że odbiorcą jest inna firma.
Zwolnienie z VAT a obowiązek KSeF
Wielu lekarzy korzysta ze zwolnienia przedmiotowego z VAT (ze względu na świadczenie usług w zakresie opieki medycznej, służących profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu i poprawie zdrowia). Często pojawia się błędne przekonanie, że „skoro nie jestem VAT-owcem, to KSeF mnie nie dotyczy”.
To mit. Bycie podatnikiem zwolnionym z VAT nie chroni przed obowiązkiem korzystania z KSeF w relacjach B2B. Ustawodawca przewidział, że podatnicy zwolnieni również zostają objęci tym systemem (choć ich wejście w system mogło mieć późniejszy termin niż czynnych podatników VAT).
Jeśli więc jesteś lekarzem zwolnionym z VAT, ale wystawiasz fakturę dla szpitala (B2B), musisz użyć KSeF.
Ważna zmiana od 1 lutego: Pobieranie faktur kosztowych z KSeF
Do tej pory większość dyskusji wokół KSeF skupiała się na obowiązku wystawiania faktur sprzedaży. Jednak dla lekarzy prowadzących działalność gospodarczą równie istotna (a może nawet bardziej odczuwalna w codziennej pracy) jest druga strona medalu: odbieranie faktur zakupowych.
Jeśli prowadzisz gabinet, regularnie dokonujesz zakupów firmowych – kupujesz środki medyczne, sprzęt, opłacasz wynajem lokalu, media czy usługi księgowe. Twoi dostawcy, którzy są czynnymi podatnikami VAT (hurtownie farmaceutyczne, dostawcy energii, właściciele nieruchomości), mają obowiązek wystawiania faktur w KSeF.
Co to oznacza dla Ciebie od 1 lutego 2026 roku?
Od tego momentu, faktura kosztowa wystawiona przez Twojego dostawcę w KSeF jest uznawana za doręczoną w chwili nadania jej numeru identyfikacyjnego w systemie. To kluczowa zmiana. Nie musisz już czekać na maila z PDF-em ani na listonosza z kopertą. Faktura „czeka” na Ciebie w systemie KSeF.
Jak to wpłynie na Twoją codzienność?
-
Koniec z „gubieniem” faktur: Faktura wystawiona w KSeF nie zginie w spamie ani nie zawieruszy się na biurku. Jest bezpiecznie przechowywana w systemie Ministerstwa Finansów przez 10 lat.
-
Obowiązek pobierania: Jako przedsiębiorca musisz zapewnić sobie (lub swojej księgowości) dostęp do KSeF, aby te faktury pobierać i księgować. Ignorowanie systemu oznacza, że nie będziesz miał dokumentów potwierdzających Twoje koszty.
-
Automatyzacja księgowości: To największa zaleta. Jeśli korzystasz z nowoczesnego biura rachunkowego (jak KPIR50.pl) lub programu księgowego zintegrowanego z KSeF, faktury kosztowe mogą „spływać” do Twoich rozliczeń automatycznie. Nie musisz ich drukować, skanować ani przesyłać mailem do księgowej. Wystarczy, że raz nadasz odpowiednie uprawnienia.
Podsumowując: Nawet jeśli jako lekarz wystawiasz głównie paragony dla pacjentów (B2C) i rzadko korzystasz z KSeF sprzedażowo, to i tak musisz być „podłączony” do systemu, aby sprawnie odbierać faktury za swoje firmowe zakupy. Od 1 lutego staje się to nowym standardem obiegu dokumentów w biznesie.
Ile kosztuje księgowość dla lekarzy
ZAKŁADANIE DZIAŁALNOŚCI
Zawsze bezpłatnie-
pomoc we wniosku do CEIDG
-
wybór formy opodatkowania
-
zgłoszenie do ZUS
-
rejestracja do VAT
-
pełnomocnictwo do CEIDG, US, ZUS
KSIĘGOWOŚĆ ONLINE
Najlepszy wybór-
księgowanie do 50 dokumentów
-
dedykowana księgowa
-
księgi podatkowe KPIR, ryczałt
-
rejestry VAT, JPK, e-deklaracje
-
pełna obsługa ZUS
FAKTUROWANIE ONLINE
Nowoczesne i wygodne-
wszystkie rodzaje faktur
-
wysyłka faktur bezpośrednio z programu
-
obsługa z komputera lub smartfona
-
gotowe na KSeF 2026!
-
monitoring płatności